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Proyectos de Investigación

 

La enfermedad de Alzheimer

La enzima gamma-secretasa se ha propuesto como un posible blanco molecular para el tratamiento de la enfermedad de Alzheimer debido al importante papel que juega en la génesis de los péptidos beta amiloides y por tanto en el desarrollo de la enfermedad. Mediante el uso de simulaciones de dinámica molecular atomísticas, de grano grueso, de metadinámica y de réplica exchange molecular dynamics estudiamos (1) el ensamble conformacional de la enzima, (2) cómo la enzima reconoce e interactúa con sus sustratos y sus moduladores, (3) el efecto molecular de compuestos moduladores e inhibidores sobre el complejo gamma-secretasa y (4) empleando técnicas de QM/MM estudiamos la catálisis de la enzima.

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Autoensambleje de Materiales

Orgánicos Fotovoltáicos (OPVs)

Empleando como base la simulaciones moleculares atomísticas de diferentes materiales, hemos generado una extraordinaria metodología para convertir dicha parametrización atomística a grano grueso. Esta metodología ha sido esencial para estudiar el autoensamblaje de moléculas aceptoras y donadoras de electrones  que constituyen los sistemas fotovoltaicos orgánicos (OPVs). Una vez que se cuenta con la parametrización de los modelos de grano grueso realizamos simulaciones de evaporación de solvente para simular el ensamblaje experimental de la fase final de este componente principal de los OPVs.

GPCRs involucrados con la Neuroinflamación y la enfermedad de Alzheimer

Utilizando herramientas de la simulación molecular y del muestreo acelerado, también estudiamos mecanismos moleculares de la activación e inactivación de diferentes receptores (GPCRs) relacionados con la enfermedad de Alzheimer y la neuroinflamación. Para estos interesantes sistemas de señalización celular, estudiamos sus ensambles conformacionales en presencia de agonistas y antagonistas con la finalidad de caracterizar las interacciones que forman con diferentes compuestos de interés farmacológico.

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Autoensamblaje de Materiales

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Membranas para baterías de flujo

Por medio de simulaciones de dinámica molecular estudiamos el autoensamblaje de membranas de polímeros de nafión en diferentes entornos. Una vez ensambladas las membranas, estudiamos el cruce y la permeabilidad de diferentes iones utilizando potenciales de fuerza media (PMFs) para identificar variaciones en las propiedades fisicoquímicas del nafión que modifiquen su viavilidad como componentes de baterías de flujo.

 

La enfermedad de Cataratas

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Las proteinas cristalinas se encuentra en alta abundancia el lente del cristalino y le confieren asus propiedades cristalinas. De forma natural las cristalinas se encuentra en formas monomérica o diméricas perfectamente plegadas y ordenadas. Sin embargo, se ha demostrado que cuando estas proteínas sufren ligeras modificaciones químcas forman agregados oligoméricos que las llevan a perder sus propiedades cristalinas y originando la enfermedad de cataratas. Utilizando herramientas de dinámica molecular atomística y de grano grueso, metodologías de free energy perturbation, cálculos de energías de hidratación, metadinámica, y la combinación de QM/MM estudiamos el ensamble conformacional de las cristalinas y de sus estados parcialmente desplegados para buscar fármacos que puedan estabilizar dichos estados y detener el progreso de la enfermedad de cataratas.

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Proteínas Intrínsecamente Desordenadas

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Utilizando herramientas del muestreo acelerado estamos tratando de caracterizar el ensamble conformacional de una variedad de proteínas intrínsecamente desordenadas para identificar factores fisicoquímicos que dan origen a su interesante dinámica de plegamiento/desplegamiento que da origen a su función.

¿Te interesa nuestra Investigación? Revisa nuestras publicaciones

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Búscanos en Google Scholar

  • R. Aguayo-Ortiz y L Domínguez

    “Unveiling the Possible Oryzalin-Binding Site in the alfa-tubulin of Toxoplasma gondii”

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  • Aguayo-Ortiz, Rodrigo, y Laura Dominguez*.

    "Effects of Mutating Trp42 Residue on γD-Crystallin Stability." 

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  • Aguayo‐Ortiz, Rodrigo, Dulce C. Guzmán‐Ocampo, y Laura Dominguez*.

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  • García-Ruiz, Karl M., Andrés F. Marmolejo-Valencia, Augusto González-Navejas, Laura Dominguez, y Carlos Amador-Bedolla.

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  • Chávez-García, Cecilia, Rodrigo Aguayo-Ortiz, y Laura Dominguez*.

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  • Tabatabaei-Dakhili, S. Amirhossein, Rodrigo Aguayo-Ortiz, Laura Domínguez, y Carlos A. Velázquez-Martínez.

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  • López-Méndez, Luis José, Israel González-Méndez, Rodrigo Aguayo-Ortiz, Laura Dominguez, Sofía L. Alcaraz-Estrada, Yareli Rojas-Aguirre, y Patricia Guadarrama.

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  • Guzmán‐Ocampo, Dulce C., Rodrigo Aguayo‐Ortiz, Lucia Cano‐González, Rafael Castillo, Alicia Hernández‐Campos, y Laura Dominguez*.
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  • Martinez, Anna Victoria, Susan C. DeSensi, Laura Dominguez, Eva Rivera, y John E. Straub. "Protein folding in a reverse micelle environment: The role of confinement and dehydration." 
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  • Domínguez, Laura, Alejandro Sosa-Peinado, y Wilhelm Hansberg.
    "Catalase evolved to concentrate H2O2 at its active site." 
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  • Frantz, Christian, Gabriela Barreiro, Laura Dominguez, Xiaoming Chen, Robert Eddy, John Condeelis, Mark JS Kelly, Matthew P. Jacobson, y Diane L. Barber.
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Facultad de Química
F-226

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